PAEMFE tiene como principal objetivo contribuir a la política de acceso y retención en la educación media básica general y técnico profesional. Entre sus objetivos específicos, se destacan: mejorar el desempeño y la formación docente a través del apoyo a la política de retención y profesionalización de la formación en educación; mejorar la retención en la educación media básica general y técnico profesional; aumentar el acceso en la educación media básica general y técnico profesional, y mejorar los procesos de gestión del sistema educativo.
Para el logro de dichos objetivos, el Programa contiene cuatro ejes transversales de acción. Estos son: infraestructura edilicia y mobiliario de los centros educativos; tecnologías de la información y la comunicación; promoción de la descentralización a través de la entrega de partidas de inversión por centro educativo, y apoyo a la gestión, investigación y formación.